Outlast 2 przedstawia Sullivana Knotha i jego zwolenników, którzy opuścili nasz zły świat, aby dać życie Temple Gate, miastu położonemu głęboko na pustyni i ukrytemu przed cywilizacją. Knoth i jego trzoda przygotowują się na próby czasów ostatecznych, a ty jesteś w samym ich środku. Jesteś Blake Langermannem, operatorem filmowym pracującym ze swoją żoną Lynn. Oboje jesteście dziennikarzami śledczymi, gotowymi podejmować ryzyko i zagłębiać się w historie, których nikt inny nie odważy się dotknąć.
Podążasz tropem wskazówek, który rozpoczął się od pozornie niemożliwego morderstwa kobiety w ciąży, znanej tylko jako Jane Doe. Śledztwo zaprowadziło cię wiele kilometrów na pustynię w Arizonie, w ciemność tak głęboką, że nikt nie mógł na nią rzucić światła, i w korupcję tak głęboką, że jedyną rozsądną rzeczą, jaką można zrobić, jest szaleństwo.