W odległej przyszłości w ludzkim mózgu odkryto psioniczny hormon, który daje ludziom zdolności pozazmysłowe i zmienił świat, jaki znamy. Gdy ludzkość wkroczyła w nową erę, obłąkani i głodni mózgu mutanci, zwani Innymi, zaczęli schodzić z nieba. Ze względu na ich dużą odporność na ataki konwencjonalne, konieczne jest użycie ekstremalnych środków, aby chronić ludzkość przed tym podstępnym zagrożeniem. Osoby z wyjątkowo ostrymi zdolnościami pozazmysłowymi, czyli psioniką, stały się zatem naszą jedyną nadzieją na obronę przed wyginięciem. Od tego czasu osoby wyposażone w te talenty są wyszukiwane i rekrutowane przez Inne Siły Tłumiące (OSF), które stały się ostatnią linią obrony ludzkości.
Dzięki podwójnej historii możesz rozpocząć swoją przygodę jako Yuito Sumeragi, energiczny rekrut z wpływowej rodziny politycznej, lub Kasane Randall, tajemniczy szpieg, którego zdolności i umiejętności wzbudziły duże zainteresowanie w OSF. Ich odmienne doświadczenia przeplatają się ze sobą i tylko dzięki temu można poznać całą historię gry SCARLET NEXUS i odkryć wszystkie sekrety skrywające „brain-punkowy” świat przyszłości, rozpięty pomiędzy zaawansowanymi technologiami i zdolnościami parapsychicznymi.
