Grand Chien, země bohatá na přírodní zdroje a hluboké politické rozdíly, je uvržena do chaosu, když zmizí zvolený prezident a polovojenská síla známá jako “Legie” ovládne venkov. Nyní rodina prezidenta shromáždila všechny své zdroje, včetně dohody s mocnou korporací Adonis, aby najala skupinu dovedných žoldáků s úkolem najít prezidenta a vrátit do země pořádek.
V Jagged Alliance 3 si vyberete z obrovského obsazení žoldáků, každý s vlastními jedinečnými osobnostmi, výstřednostmi a životními příběhy. Poté vyrazte a prozkoumejte Grand Chien, setkávejte se s novými lidmi, vydělávejte peníze, rozšiřujte svůj tým a nakonec dělejte svá vlastní rozhodnutí, která rozhodnou o osudu země.