Grand Chien, krajina bohatá na prírodné zdroje a hlboké politické rozdiely, je uvrhnutá do chaosu, keď zmizne zvolený prezident a polovojenská sila známa ako "Légia" ovládne vidiek. Teraz rodina prezidenta zhromaždila všetky svoje zdroje, vrátane dohody s mocnou korporáciou Adonis, aby najala skupinu zručných žoldnierov s úlohou nájsť prezidenta a vrátiť do krajiny poriadok.
V Jagged Alliance 3 si vyberiete z obrovského obsadenia žoldnierov, každý s vlastnými jedinečnými osobnosťami, výstrednosťami a životnými príbehmi. Potom vyrazte a preskúmajte Grand Chien, stretávajte sa s novými ľuďmi, zarábajte peniaze, rozširujte svoj tím a nakoniec robte svoje vlastné rozhodnutia, ktoré rozhodnú o osude krajiny.